Jatkokoulutukseen hakeudutaan ottamalla yhteyttä laitokseen, joka vastaa pääaineen osalta koulutuksesta ja tutkimustyöstä. Laitoksella arvioidaan jatkokoulutukseen pyrkivän edellytykset jatko-opintoihin sekä laitoksen mahdollisuudet asianmukaisen ohjauksen järjestämiseen. Laitoksen opettajien kanssa laaditaan henkilökohtainen jatko-opintosuunnitelma ja alustava tutkimussuunnitelma, jotka ohjaaja tarkistaa ja allekirjoittaa ja laitoksen varajohtaja hyväksyy. Em. suunnitelmat sekä mahdollinen rahoitussuunnitelma liitetään tiedekunnalle jätettävään hakulomakkeeseen. Jos hakija ei ole suorittanut tutkintoaan Jyväskylän yliopistossa, on hakemukseen liitettävä kopio tutkintotodistuksesta sekä opintorekisteriote. Lisensiaatin tutkinto ei ole pakollinen välitutkinto ennen tohtorin tutkinnon suorittamista. Jatko-opintosuunnitelma laaditaan yleensä tohtorin tutkintoa silmällä pitäen.

Jatko-opintosuunnitelmaan tehtävät vähäiset muutokset voidaan tehdä opiskelijan ja ohjaajien yhteisellä päätöksellä. Merkittävistä muutoksista päättää laitoksen johtaja yhdessä opiskelijan ja työn ohjaajien kanssa ja muutokset lähetetään tiedoksi tiedekuntaan.

Väitöstyön ja lisensiaatintutkimuksen ohjaajaksi nimetään suostumuksensa mukaan henkilö, joka on kiinnostunut työstä ja pätevä ohjaamaan sen. Ohjaajan pätevyys tulee voida todeta: hän on esimerkiksi alalta väitellyt tai nimitetty dosentin virkasuhteeseen tai professoriksi. Työtä voi ohjata myös Jyväskylän yliopiston ulkopuolella työskentelevä, jolloin työlle nimetään laitokselta toinen ohjaaja, jonka alaan työ kuuluu.

Jatko-opiskelijan ja tutkimuksen ohjaajien on oltava kiinteästi yhteistyössä tutkimuksen ja opintojen edistymiseksi. Mikäli päätoimisesti tai virkaan liittyvinä tehtävät jatko-opinnot olennaisesti viivästyvät ilman hyväksyttävää syytä, dekaani voi laitoksen johtajan esityksestä vapauttaa laitoksen ja jatko-opintojen ohjaajat suunnitelman edellyttämistä velvoitteista.