Muuntokoulutukseen tulevat opiskelijat valitaan suoraan suuntautumisvaihtoehtoihin. Perusvalinnan kautta tulleet opiskelijat hakevat suuntautumisvaihtoehtoihin vuosittain 15.4. mennessä. Suositeltava hakuajankohta on toisen opintovuoden keväällä tai vastaavien opintojen (70–80 ov) valmistuttua. Suuntautumisvaihtoehdolle voidaan laitosneuvoston päätöksellä vahvistaa opiskelijoiden maksimimäärä, jos sitä on käytännön syistä pakko rajoittaa. Muussa tapauksessa valinta on hakemuksen perusteella automaattinen (=ilmoittautuminen suuntautumisvaihtoehtoon).

Jos jotakin suuntautumisvaihtoehtoa kohtaan ilmenevä kiinnostus ylittää laitosneuvoston asettaman rajan, tehdään valinta pääaineen aiemman opintomenestyksen perusteella laskemalla kaikille opiskelijoille karsintapisteet kurssien arvosanojen ja laajuuksien tulojen summana. Opiskelijavalinta suuntautumisvaihtoehtoon tapahtuu karsintapisteiden mukaisessa paremmuusjärjestyksessä. Ne opiskelijat, jotka eivät mahdu ensisijaisesti valitsemaansa suuntautumisvaihtoehtoon, valitsevat vielä vajaina olevista suuntautumisvaihtoehdoista itselleen mielekkäimmän paremmuusjärjestyksensä mukaisesti. Tämän vuoksi opiskelijoita pyydetään hakuvaiheessa ilmoittamaan myös toissijainen vaihtoehtovalintansa. Opiskelija voi myöhemmin vaihtaa suuntautumisvaihtoehtoa hakemalla uudestaan seuraavan haun yhteydessä.